Em 1941, e por iniciativa de Olga Violante, Sara Navarro Lopes, João da Silva Santos e Sebastião Cardoso, foi criado o "Polyphonia - Schola Cantorum", coro misto constituído por cerca de 40 elementos, tendo tido como primeiro cantor-mor, ou regente, o musicólogo Mário de Sampayo Ribeiro, que o dirigiu até à sua morte, em 1966. Foi intenção destes fundadores criar um coro que pudesse dedicar-se, especialmente, à descoberta e divulgação dos tesouros da música portuguesa, então desconhecidos ou perdidos em arquivos e bibliotecas. O coro obteve o estatuto de pessoa colectiva de utilidade pública. O primeiro ensaio teve lugar em 29 de Janeiro de 1941.

O êxito desta iniciativa foi notável: ressurgiram em todo o seu esplendor os centros musicais de Évora, Elvas, Lisboa, Coimbra e Viseu e, com eles, as obras dos grandes mestres dos séculos XVI e XVII. Grande parte destas obras tem sido divulgada, ao longo de 65 anos de actividade ininterrupta, por todo o país, mas também no estrangeiro (designadamente em Espanha, França, Itália, Inglaterra e Macau), através de muitas centenas de actuações, da publicação de partituras de música polifónica religiosa e popular portuguesa e, ainda, de gravações em disco de peças do seu repertório.

Com a morte (em 13 de Maio de 1966) do maestro-fundador e principal impulsionador de Polyphonia, sucedeu-lhe outro musicólogo de grande reputação, o Cónego Dr. José Augusto Alegria, que com grande sacrifício pessoal (vinha todas as semanas de Évora a Lisboa ensaiar o coro), rara sensibilidade artística e profundo conhecimento da arte musical, conduziu os destinos do Coro até 1974, continuando a manter viva a chama que caracterizou os primeiros tempos do Polyphonia.

Foi então escolhido para Cantor-Mor um dos seus mais experientes e qualificados cantores, o maestro António Leitão, que à música coral tem devotado grande parte das suas energias, do seu estudo e do seu entusiasmo. Durante sete anos de intenso trabalho procurou manter vivo o "espírito" do Polyphonia, designadamente através da renovação do reportório e de todos os naipes do Coro, bem como pelo incremento das suas actuações.

Após um curto período de tempo em que o maestro Jorge Manzoni, também ele distinto regente e ex-coralista do Polyphonia, assegurou com brilhantismo a regência do Coro, foi convidado para desempenhar o cargo, em 1982, o maestro Manuel Teixeira. Procurando incutir no Coro um sentido "profissional", através de um trabalho exigente e de elevedo nível artístico, veio progressivamente a aperfeiçoar as suas qualidades vocais e interpretativas de que são testemunha as muitas expressões públicas de apreço e louvor pelas actuações efectuadas sob a sua direcção. O maestro Manuel Teixeira viria a deixar o Coro em 2004.

A Direcção do Coro, previamente informada do desejo do maestro Manuel Teixeira, envidou todos os esforços no sentido de encontrar um novo regente, tendo vindo a acordar com o maestro Sérgio Fontão a sua imediata entrada em funções, o que aconteceu em Janeiro de 2004.

Como coro cem por cento amador, tem vivido ao longo da sua existência, exclusivamente do ânimo dos seus componentes, dos dedicados "amigos" que acompanham e incentivam o seu trabalho e do eventual auxílio (cada vez menos frequente) de entidades públicas de que é justo realçar a Secretaria de Estado da Cultura, a Câmara Municipal de Lisboa, a Santa Casa da Misericórdia de Lisboa e a Associação dos Arqueólogos Portugueses.

Atendendo à elevada contribuição do Polyphonia em prol da música, e em especial da música polifónica portuguesa, foi-lhe atribuída, em Outubro de 1985, pelo Ministro da Cultura, a Medalha de Mérito Cultural.